COSMO-RS如何准备*.coskf文件

*.coskf文件是进行COSMO-RS模拟所需要的(溶质分子、溶剂分子)文件,例如NaCl水溶液,就分别需要Na+、Cl、H2O的*.coskf文件。

SCM LOGO > COSMO-RS进入流体热力学模块,默认情况下,会提示到官网下载分子库文件。该分子库包含1872种分子的*.coskf文件。如果我们要计算的(溶质、溶剂)分子,这个库里面没有,那么就需要我们自己通过ADF模块准备。过程非常简单:

创建分子

如何使用ADFinput画出分子,可以参考建模:ADF模块分子的基本建模功能演示(视频)

设置参数

ADFinput > File > Preset > COSMO-RS Compound,则所有相关的参数都自动选好了。唯独需要调整的是:

  • Total Charge:分子是否带电。例如H3O+带电为1、OH带电为-1
  • Spin Polarizaition:自旋激化。也就是有多少个电子没有配对,N重态的自旋激化=N-1
  • Basis set:不需要选择其它基组,因为coskf文件是基于这两种基组拟合出来的

例如,H3O+的分子的参数:

https://www.fermitech.com.cn/wiki/lib/exe/fetch.php?media=adf:coskf01.png

https://www.fermitech.com.cn/wiki/lib/exe/fetch.php?media=adf:coskf02.png

File > Save as保存任务,之后提交任务。软件的并行计算,参考安装、提交作业、软件升级[目录]

得到文件

计算完毕之后,就有了*.coskf文件供COSMO-RS模块使用。

注意

SCM LOGO > COSMO-RS打开COSMO-RS模块。在COSMO-RS窗口点击Compounds > Add Compound(s) 添加前面生成的*.coskf文件(注意更改“文件选择窗口”右下角,文件类型为coskf,不然可能找不到。

添加完毕之后,窗口会列出所有导入的分子,用户需要更精细的描述:选中某个分子,右边会列出该分子的性质,下方Input Data中,用户应尽量正确输入关于分子的正确描述,例如Nring(芳香环原子个数),对溶解度(尤其是固溶体系)来说,熔点(Melting point,Δ_fusion H, Δ_fusion Cp)的数值非常重要。AMS 2018中,提供了“Generate”按钮,在没有实验数据的情况下,使用该按钮,程序会估计出一个数值来(在没有实验数据的情况下,强烈推荐该按钮)。

之后,Ctrl s保存任务,然后就可以进行具体某项性质的计算了。具体计算方法,参考相应教程。

 

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